1553ko, 1622ko eta 1834ko suteekin Arantzazuko santutegia birrinduta geratu zen. Bereziki, azkenarekin. Hamaika urteren ostean, 1845ean hasi zituzten santutegia berreraikitzeko lanak, eta, urtebete geroago, Ama Birjinaren irudia santutegira eraman zuten. Hainbat urte geroago, 1878 inguruan, frantziskotarrak Arantzazura itzuli ziren. XIX. mendearen bukaeran, Arantzazuko goardianoek santutegia hobetzeko eta handitzeko lanak egitea erabaki zuten, eta basilika handitzeko proiektua gauzatzen hasi ziren, Pablo Gamizek ordainduta. Eliza neorromantikoa egin zuten, baina zati bat bakarrik egin ahal izan zuten. Arantzazura joaten ziren erromesen beharretara egokitzen ez zela ikusita, basilikako lanak utzi eta santutegiaren benetako beharretara egokitutako eraikina egitera bideratu zituzten dirua eta indarra.
Pablo Leteren bultzadarekin
Basilika berria egiteko proiektua geldi egon zen 25 urtean. 1949an, Pablo Lete aukeratu zuten frantziskotarren ministro probintzial, eta hark bultzada handia eman zion proiektuari. Segituan hasi zen lanean obrak kudeatuko zituen komisioarekin. 1950eko apirilean, basilika berria eraikitzeko lehiaketako oinarriak argitaratu ziren. Eraikinaren funtzionaltasuna, erromesak hartzeko gaitasuna, elizaren oina komentuko lehen solairuaren maila berean egotea eta eliza bera frantziskotar anaidiaren beharrei erantzuteko modukoa izatea izan ziren kontuan hartutako irizpideak.
Hamalau proiektu aurkeztu ziren, eta puntuazio altuena Francisco Saenz de Oizak eta Luis Laorgak idatzitakoak lortu zuen. Lehiaketa irabazteak proiektua aurrera eramateko enkargua zekarren. "Euskal Herrian zabaldutako arkitektura tradizionaletik aldentzen den eta arkitektura erlijioso modernoaren korrontearen baitakoa da", esan zuten epaimahaiko kideek. 1950eko abuztua zen. Egun batzuk geroago, irailaren 9an, Arantzazuko Ama Birjinaren eguna aprobetxatuz, basilika berriaren lehen harria ipini zuten, ekitaldi jendetsuan. Agintari zibilak eta erlijiosoak egon ziren ekitaldian, eta frantziskotarrak izan ziren lehen harria ipini zutenak.
Botila barrukoak
Botila hartan sartu zituzten: zeremoniaren akta, txanpon batzuk, eguneko egunkariak, une hartan santutegiko erlijioso ziren guztien izenen zerrenda eta 1950eko bederatziurrenaren programa. Historialariek diote ekitaldi harekin, basilika berriarekin, hasi zela Arantzazuren benetako eraldaketa.
