Nafarroako konkistaren bezperetan, Mondragoeko Kontzejuak prestaketak abiatu zituen. Kapitala behar zen, soldaduak bidali ahal izateko. Zortzi herritarrek 95 dukatotik gorako mailegua eskaini zioten udalari. Gainera, udal jabetzako zenbait lursail eta mendialde saldu ziren. Diru horrekin, Frantziako mugara bidali ziren peoien lehen ordainsariak aurreratu ziren. Mailegu horiek, printzipioz, Koroak ordaindu beharrekoak ziren. Baina garaiko ohiturek bestelakoa erakusten zuten: zenbait kasutan, bost urte igaro behar izaten zen kopuru horiek itzuli ahal izateko.
Garai hartan bertan, hiru deialdi egin ziren herrian. Etxez etxe ibili zen Kontzejua, borrokatzeko moduko gizonezkoak bilatzen. Lehenengo tropa taldea Ochoa de Avendaño kapitainak gidatu zuen Hondarribira: 45 lagun, hilabetez egon ziren han. Ondoren, Pedro de Ibarraren agindupean, beste 23 herritar Hondarribira eta Irungo gerra-lerroetara joan ziren. Azkenik, berriro Ochoa de Avendañoren gidaritzapean, 43 peoi Errenteriara abiatu ziren.
Handik gutxira, Diego Fernández de Córdoba Nafarroako erregeordeak beste deialdi bat egin zuen. Amaiur inguruan frantsesak pilatzen ari ziren. Juan Ochoa de Avendañok 31 herritar eraman zituen Donibane Garazira. Horien artean bazen zamaletari bat ere, ondasunen garraioa bermatzeko. Hilabete batez jardun zuten Iparraldeko lurraldeetan. Herriaren ahalmen militarra nabarmena zen: armagileen kofradiako kideak, zamaletariak, eta hainbat tresna eta armamentu astun zebiltzan tropa horietan. Fernando Katolikoak, garaipenaren ondoren, Gipuzkoari eskubide ekonomiko batzuk aitortu zizkion. Donostia eta Segurako alkabaletatik urtero jasotzen ziren maravedietan Mondragonek bere zatia jaso zuen.
Urteak aurrera egin ahala, tentsioa handitzen joan zen. Hondarribiko gotorlekua babesten jarraitu zuten Ochoa de Abarrateguiren gidaritzapean. Fernando Katolikoaren heriotzak egoera are gehiago korapilatu zuen: Joan Albreteko Nafarroako erregeak berriz saiatu zen Nafarroa Garaia berreskuratzen. Horren aurrean, Mondragoeko Kontzejuak 113 dukatoko mailegua eskatu zuen, Lope Sánchez de Arcarazo eta Lope Sánchez de Orozcoren aginduetara beste tropa bat abiatzeko. Mondragoeko gizonak ez ziren soldadu profesionalak. Zurginak, harrobi-langileak, ferratzaileak... eguneroko lanak utzita, gerra-peoi bilakatzen ziren gerra deialdiek halabeharrez erakarrita.
Garai horretan gertatutako ezagutu dezakegu Herrero irakaslearen lanari esker. Bere hitzetan, gatazkaren ondorio ekonomikoak sakonak izan ziren: herria zorpetu egin zen eta hainbat ondasun publiko saldu behar izan zituen, horien artean San Antolingo lurrak. 1583ko kontu-liburuetan oraindik ageri ziren ordainketa horien arrastoak, argi erakutsiz finantza-ondorioak luzaroan iraun zutela.
Aitzitik, gerrako zerbitzuetan parte hartu zuten zenbait mondragoetarrek bestelako bideak hartu zituzten. Koroaren zerbitzuak aukera pertsonal garrantzitsuak ekarri zizkien: ospea, harreman politiko berriak eta posizio sozial nabarmenagoa lortu zuten, eta, ondorioz, euren ondorengoentzako ere bide berriak zabaldu zituzten Eta gaur egun gure inguruan ikusten ditugun hainbat ondasun eta inbertsio finantzatu zituzten, hain zuzen ere, Nafarroako konkistatik onura pertsonala atera zuten herritar haiek.